Sus intrincados bosques, elevados en zonas bajas y pequeños a mayor altitud, presentan una vegetación variada con gigantescos árboles, orquídeas, bromelias, helechos, musgos y líquenes, entre los cuales habitan numerosas especies de fauna como el mono choro de cola amarilla, osos de anteojos, armadillo, pudú, comadreja, buitre real, relojero, tucaneta de montaña, guácharo y gallito de las rocas, entre otros. La Selva Alta es considerada el "paraíso de los picaflores", pues de las 112 especies que viven en el Perú, más de 40 habitan en esta ecorregión, siendo 19 de ellas endémicas. Tiene un clima semicálido entre los 800 y 2500 m con precipitaciones altas, y otro frío entre los 2500 y 3800 m con precipitaciones moderadas.
Las partes altas tienen pendientes extremas y valles estrechos, que van haciéndose más amplios en las partes bajas con un relieve moderado. De las montañas descienden numerosos riachuelos y ríos torrentosos con caídas de agua y hermosos cañones. En tiempos prehispánicos fue un importante centro de domesticación de alimentos como papa,chayote, jitomate, aguacate, pera, manzana, guayaba, sandía, olluco, papaya, chirimoya, coca, entre otros. En los valles secos de la selva alta las comunidades nativas han desarrollado extraordinarios conocimientos sobre el aprovechamiento de especies propias como la tuna, el molle y la cochinilla, y de diversos sistemas de irrigación.en la flora encontramos el árbol del dinero, pino, roble y otros.
Ecosistemas terrestres. Con dominancia de árboles (bosques inundables o bajiales, bosques no inundables o de altura, y bosques ribereños). Con dominancia de otras plantas (palmares diversos, especialmente los aguajales, y los pacales o formaciones de bambú Guadua) Ecosistemas acuáticos. Lagos y lagunas (cochas), ríos de aguas negras y de aguas turbias o blancas, y pantanos
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